باقر مومنی دورهٔ دبستان و دبیرستان را در کرمانشاه گذراند و در خرداد ۱۳۲۳ در رشتهٔ ادبی دبیرستان شاپور دیپلم گرفت. فعالیت سیاسی وی نیز از همان زمان آغاز شد. در آن سالها کرمانشاه در اشغال نیروهای ارتش بریتانیا بود و حزبی به نام پیکار با تمایلات ضد انگلیسی، ولی با گرایش ناسیونالیستی و طرفدار آلمان نازی تاسیس شده بود که رهبری آن را خسرو اقبال بر عهده داشت. باقر مومنی جذب مقالات تند و تیز روزنامهٔ این حزب به نام نبرد شده و به همراه چند تن دیگر در کرمانشاه دفتر این حزب را راه اندازی میکند. با این حال مومنی برای ادامهٔ تحصیل در دانشگاه به تهران میآید و در دانشکدهٔ حقوق دانشگاه تهران ثبت نام میکند. در آنجا وارد محافل سیاسی احزابی مانند پیکار، میهن پرستان و استقلال شده و در مباحثات آنها وارد میشود و نهایتاً تصمیم میگیرد وارد کارهای سیاسی نشده و به تحصیلات خود بپردازد. اما در همین زمان جذب تبلیغات حزب توده ایران شده و نهایتاً در اواخر سال ۱۳۲۴، کمی پس از تشکیل حکومت خودمختار آذربایجان، به این حزب پیوست. در همان زمان در سفری به کرمانشاه به عنوان مسئول شورای ایالتی اتحادیهٔ کارگران در کرمانشاه انتخاب میشود. مومنی از همین زمان به همکاری با روزنامهٔ بیستون چاپ کرمانشاه میپردازد که در آن زمان تحت عنوان «ارگان شورای متحدهٔ ایالتی اتحادیههای کارگران و زحمتکشان غرب» منتشر میشد. سال بعد با آغاز سرکوب فعالان کمونیست مصادف میشود و ماجرای کشتار کارگران در کرمانشاه در راهپیمایی ۱۱ اردیبهشت ۱۳۲۵ (اول ماه مه ۱۹۴۶) به وقوع میپیوندد. در این ماجرا کارگران پس از تماشای فیلمی در سینما ایران واقع در خیابان سپه کرمانشاه، به مناسبت روز جهانی کارگر راهپیمایی میکنند و به سمت باشگاه اتحادیهٔ کارگران به راه میافتند. پلیس کرمانشاه به جمعیت کارگران حمله کرده و با شلیک گلوله ۱۴ کارگر را کشته و ۱۲۰ کارگر را زخمی میکند. باقر مومنی در این ماجرا از ناحیهٔ کتف راست مورد اصابت گلوله قرار میگیرد. وی از این روز به عنوان «تولدی دیگر» برای خود یاد میکند. مومنی پس از ۲۱ آذر ۱۳۲۵ و آغاز سرکوب جنبشهای دموکراتیک آذربایجان و کردستان و در وضعیتی که حزب توده و شورای متحده مورد حملهٔ گسترده قرار میگرفتند، برای ادامه دادن به تحصیلاتش به تهران آمد، اما رابطهاش را با تشکیلات کرمانشاه قطع نکرد و از طرف تشکیلات کرمانشاه به عنوان «مسئول یا نمایندهٔ تشکیلات کرمانشاه» در «تشکیلات کل» که به سرپرستی دکتر رادمنش شکل گرفته بود، فعالیت میکرد. در همین زمان، به همکاری با سازمان مرکزی اتحادیههای دهقانی ایران دعوت میشود که سرپرست شعبهٔ مرکزی آن با فردی معروف به دکتر بهرامی بود و دبیری آن را صادق انصاری بر عهده داشت. در همین زمان بحران در درون حزب توده آغاز میشود و حزب پس از ماجرای ترور ناکام محمدرضا شاه در ۱۵ بهمن ۱۳۲۷ غیرقانونی اعلام میشود. باقر مومنی در تهران تحصیلاتش را ادامه میدهد و پس از فارغالتحصیلی در رشتهٔ حقوق برای دوران سربازی در دانشکدهٔ افسری ثبت نام میکند. اوائل فرودین ۱۳۳۰ از خدمت مرخص میشود و با روی کار آمدن دولت محمد مصدق بار دیگر فعالیت خود را از سر میگیرد. در این زمان در سازماندهی اعتصابات کارگری در قزوین و بهشهر فعالیت میکند. در بهشهر برای مدت ۱۰ ماه میماند. در آنجا برای اولین بار دستگیرشده و به زندان ساری منتقل میشود. پس از مدتی برای استیناف به تهران فرستاده شده و در آنجا آزاد میشود. در تهران به عضویت کمیتهٔ حومه (یکی از کمیتههای ۵ گانهٔ حزب در تهران) درآمده و در ناحیهٔ شهریار به عنوان معاون کمیته به فعالیت مشغول میشود. وی تا کودتای ۲۸ امرداد ۱۳۳۲ ارتباط کمی با مرکز داشته و به فعالیت در میان روستاییان ورامین میپردازد. اما در زمان کودتا تشکیلات در ورامین که آموزشهای نظامی نیز میداده، لو میرود و مومنی ناگزیر به تهران میآید؛ و چون حزب پس از کودتا غیرقانونی اعلام شده ناگزیر به زندگی مخفی روی میآورد. در خرداد ۱۳۳۳ در یورش نیروهای فرمانداری نظامی به یک جلسهٔ مخفی دستگیر میشود، اما پس از چند روز آزاد میشود. پس از چندی سازمان نظامی حزب توده لو میرود، همهٔ اعضای کمیتهٔ مرکزی داخل کشور دستگیر میشوند و کیانوری و جودت هم از ایران خارج میشوند. در این هنگام به همراه ۶ تن دیگر مسول رسیدگی و سامان دادن به حزب در داخل کشور میشود. شش تن دیگر عبارت اند از: صادق انصاری، منوچهر هوشمندراد، پرویز شهریاری، فرجالله میزانی، علی متقی و حبیب ثابت. چهار نفر از اعضای این گروه یک ماه بعد و در روز دهم آبان ۱۳۳۵ دستگیر میشود. مومنی در حین انتقال دست به فرار میزند، اما مورد اصابت گلوله قرار میگیرد و دستگیر میشود و در نهایت در دادگاه نظامی به ۱۸ ماه حبس تادیبی محکوم میشود و این مدت را در زندانهای زرهی و قزل قلعه میگذراند. صادق انصاری از مقاومت وی در زندان و تنفرش از اعتراف نویسان یاد کردهاست. مومنی در همین ایام در زندان از علی علوی زبان روسی میآموزد و اول ماه مه را به بهانهٔ روز تولد خودش جشن میگیرد. پس از سیام خرداد ۱۳۶۰ امکان هرگونه فعالیت سیاسی از گروه سلب میشود و مومنی با گذر از کوههای کردستان ایران و ترکیه خود را به پاریس میرساند. در آنجا از بهمن ۱۳۶۳ تا تیر ۱۳۶۴ ماهنامهای فرهنگی به نام گاهنامهٔ فرهنگ و هنر ایران منتشر میکند. همزمان با رایزنی و جلب نظر فعالان سیاسی در تبعید به دنبال تشکیل جبههٔ متحد چپ میرود، اما با اقبال مواجه نمیشود. به دنبال آن به ادامهٔ کار نویسندگی میپردازد و کتابهای متعددی مانند مسائل اپوزسیون ایران، گفتارهای سیاسی و دمکراسی، دین و دولت در عصر مشروطیت، از موج تا توفان، انفجار سبز، اسلام ایرانی و حاکمیت سیاسی، حکومت اسلامی و اسلام حکومتی، پروندهٔ پنجاه و سه نفر، یادماندههای ایرج اسکندری، در خلوت دوست، دنیای ارانی و … را منتشر میکند.
اقر مومنی، نویسنده و پژوهشگر سرشناس تاریخ، بامداد ۱۹ نوامبر در سن ۹۷ سالگی در پاریس درگذشت.