کارلوس کاستاندا با نام کامل کارلس سزار سالوادر آرانا کاستانیدا در 25 دسامبر 1925 در کاجامارکای پرو متولد شد. او در سال 1951 به ایالات متحده مهاجرت کرد و در 21 ژوئن 1957 به تابعیت این کشور درآمد.
کارلوس کاستاندا که پیش از مهاجرت به آمریکا در رشتهی نقاشی و مجسمهسازی تحصیل کرده بود، پس از ورود به ایالات متحده در سالهای 1955 تا 1959 در یک رشتهی پیشروانشناسی در کالج شهر لسآنجلس ثبتنام کرد و در همانجا دورههای نویسندگی خلاق و روزنامهنگاری را گذراند. سپس برای تحصیل در رشتهی انسانشناسی وارد دانشگاه کالیفرنیا شد و در نهایت در سال 1970 مدرک دکترای خود را دریافت کرد.
کارلوس کاستاندا در دانشگاه کالیفرنیا به شمنیسم علاقهمند شد و تصمیم گرفت در رشتهی گیاهشناسی قومی، طبقهبندی گیاهان روانگردان، تحصیل کند، چراکه بهترین رشتهای بود که از طریق آن میتوانست به طور قانونی شمنیسم را فراگیرد. مطالعهی گیاهان روانگردان او را به جنوب کشاند و در یکی از این سفرها با دون خوان ماتیوس، سرخپوستی یاکی، ملاقات کرد. در ملاقاتهای بعدی، دون خوان فاش کرد که در واقع یک شمن یا جادوگر است. یک سال بعد، کاستاندا رسماً به شاگردی او درآمد.
کارلوس کاستاندا بعدها اعتراف کرد که آنچه به عنوان مطالعهای عینی شروع شده بود رفتهرفته به یک خودنگاری انجامید، زیرا تحت هدایت دون خوان، خود موضوع مطالعهی خود شد. این یادگیری از 1961 تا 1965 ادامه داشت. کاستاندا که در این دوران از گیاهان روانگردان برای گسترش ذهن خود استفاده میکرد، در پاییز 1965 به علت نگرانی از فروپاشی روانی آموزش خود را متوقف کرد.
تجربیات اولیهی او از شمنیسم و عوامل روانگردان مبنای اولین کتاب کارلوس کاستاندا «آموزشهای دون خوان: طریقت آگاهی در مکتب سرخپوستان یاکی» شد. این اثر کارلوس کاستاندا در سال 1968 از سوی انتشارات دانشگاه کالیفرنیا منتشر شد.
کارلوس کاستاندا تحلیلهایش را از باورهای خوان ماتیوس در قالب پایاننامهی کارشناسی ارشد خود ارائه کرد، گرچه هیچ مشاهدهی میدانیای در آن زمان ارائه نداد، زیرا ادعا میکرد نوشتههای مربوط به آن را گم کرده است. تعلیمات دون خوان پیش از آنکه به یک کتاب پرفروش بینالمللی تبدیل شود به عنوان یک اثر کلاسیک زیرزمینی شهرت پیدا کرد.
در سال 1968، کارلوس کاستاندا به مکزیک بازگشت و دورهی دوم آموزش خود را زیر نظر دون خوان ماتیوس آغاز کرد که تا 1971 ادامه داشت. نتیجهی این دوره کتاب دوم او «حقیقتی دیگرگون» بود که در سال 1971 منتشر شد.
سومین کتاب کارلوس کاستاندا «سفر به دیگر سو» که از مرحلهی دوم آموزش او برگرفته شده بود در سال 1972 منتشر شد و یک سال بعد، به عنوان پایاننامهی دکترای او در دپارتمان مردمشناسی دانشگاه کالیفرنیا پذیرفته شد. در این کتاب، او تجربیات قبلی خود در رابطه با گیاهان روانگردان را رد کرد. هرچند بعدها از مصرف گذشتهی خود از مواد مخدر دفاع کرد و گفت که آنها بخشی از مرحلهی اول آموزش او بودهاند و دون خوان بعدتر به او آموخت که بدون مواد مخدر به همان نتایج دست یابد.
در اوایل دههی 70، محبوبیت کتابهای کارلوس کاستاندا مشکلاتی را برای نویسنده ایجاد کرد. افرادی عجیب و غریب او را تعقیب میکردند و او مجبور به زندگی در انزوا شد. با وجود این، هنوز دربارهی واقعیت نامعمول مینوشت. کاستاندا در طول دهههای 70، 80 و 90 در مجموع دوازده کتاب و چندین مقالهی آکادمیک نوشت و در آنها به تجربیات خود از سرخپوستان یاکی پرداخت.
کارلوس کاستاندا در 27 آوریل 1998 به دلیل عوارض ناشی از سرطان کبد در لسآنجلس درگذشت و خاکسترش را به مکزیک فرستادند.